Fondata sotto il titolo di "Collegium Cultorum Martyrum" il 2 febbraio 1879 da M. Armellini, A. Hytreck, O. Marucchi ed E. Stevenson, insigni studiosi di antichità sacra, la Pontificia Accademia, in collegamento con la Congr. per il Culto Divino e la Disciplina dei Sacramenti, ha lo scopo di promuovere il culto dei Santi Martiri e di incrementare ed approfondire l'esatta storia dei Testimoni della Fede e dei monumenti ad essi collegati, fin dai primi secoli del cristianesimo. A tal fine, indìce celebrazioni negli antichi cimiteri cristiani e in altri luoghi sacri, con funzioni religiose e conferenze archeologiche.

L'Accademia tiene almeno due Assemblee Generali ogni anno, presso il Pontificio Istituto di Archeologia Cristiana e nella sua sede storica al Collegio Teutonico in Vaticano.

La Pontificia Accademia "Cultorum Martyrum" patrocina anche, durante la Quaresima, lo svolgimento della liturgia stazionale, ripristinato da Mons. Carlo Respighi, Magister dal 1931 al 1947.  

Lo Statuto revisionato è stato approvato nel 1995. L'Accademia si compone di Sodales e di Associati d'ambo i sessi. Raggiunta l'età di 80 anni, i Sodales diventano Emeriti. I Sodales diventati Cardinali o Vescovi sono nominati Patroni. La carica di Magister è di nomina pontificia e "ad quinquennium" rinnovabile. Il Magister, d'intesa con il Consiglio Direttivo, può affiliare all'Accademia altri centri presso Santuari di Martiri. Il Magister da parte del Consiglio di Coordinamento fra Accademie Pontificie.